يمثل توفير الخدمات الاستشارية لصناع القرار والمنظمات الدولية والقطاع الخاص والمجتمع المدني، سواء داخل مصر أو خارجها أحد أهم أدوار معهد التخطيط القومي. وقد قدم المعهد العديد من الاستشارات لعدد من المنظمات الدولية، ومنها المنظمات التابعة للأمم المتحدة مثل البرنامج الانمائي للأمم المتحدة (UNDP)، المنظمة الدولية للهجرة (IOM)، منظمة الأغذية والزراعة (FAO)، صندوق الأمم المتحدة للسكان (UNFPA)، منظمة العمل الدولية (ILO).
كما نفذ المعهد العديد من الاستشارات بناءً على طلب الكثير من المؤسسات الوطنية، وفي إطار التعاقد فيما بينهما، ومن بين هذه المؤسسات وزارة التخطيط والتنمية الاقتصادية والتعاون الدولي، وزارة الشباب والرياضة، وزارة التموين، وزارة المالية، وزارة الاتصالات وتكنولوجيا المعلومات، وزارة الداخلية، مركز المعلومات ودعم اتخاذ القرار بمجلس الوزراء، أكاديمية البحث العلمي والتكنولوجيا، وغيرها من المؤسسات الوطنية ذات الشأن.
وهناك أيضًا بحوث ودراسات جرى تنفيذها بناءً على طلب من مؤسسات خارجية إقليمية ودولية، من بينها المعهد العربي للتخطيط، الجمعية العربية للبحوث الاقتصادية، المعهد التونسي للقدرة التنافسية والدراسات الكمية، المركز الإقليمي للتنمية المستدامة، اللجنة الاقتصادية والاجتماعية لغربي آسيا (ESCWA).
وقد قام المعهد بتوقيع عدد من مذكرات التفاهم مع عدد من الجهات الوطنية والإقليمية والدولية، من بينها المنظمة العربية للتنمية الإدارية، الاتحاد العربي لحماية الحياة البرية، منظمة بلان انترناشونال إيجيبت، المعهد الأفريقي للتنمية الاقتصادية بالسنغال، الأمانة العامة للمجلس الأعلى للتخطيط والتنمية بدولة الكويت، معهد التنمية الكوري (KDI) بكوريا الجنوبية، الأكاديمية العربية للعلوم والتكنولوجيا والنقل البحري.
كما قام المعهد بتوقيع عدد من بروتوكولات التعاون مع العديد من الجهات الوطنية، ومنها هيئة قضايا الدولة، الاتحاد العربي للمخلصين الجمركيين، هيئة تنمية الصعيد، كلية الدراسات الاقتصادية والعلوم السياسية بجامعة الاسكندرية، كلية التخطيط العمراني والإقليمي، المعهد القومي للحوكمة والتنمية المستدامة.
